第16幕「出会い」 からくり屋敷で襲ってきた黒賀の里の人形使いに捕らえられた勝。 気が付くと、目の前にいたのは亡くなったはずの優しき祖父・正二であった。 しかし、正二は勝を父・貞義と称し、敵意を露わにする。 勝は、生命の水を含んだ正二の血を無理やり飲まされ、正二の記憶を追体験することになる。 時は天保。場所は長崎。正二は町医者として働いていた。
第15幕「はじまりの場所へ」 自身の出生の謎を知るべく、一人仲町サーカスの元を離れる勝。 訪れたのは、かつて母と暮らしたアパート。 母の死をきっかけに才賀家に引き取られたことを思い出す勝だが、父・貞義の顔はどうしても思い出せない。 さらに移動する中で祖父・正二との会話に思いをはせた勝は、自身が生まれ変わった始まりの場所、からくり屋敷へと向かう。
第14幕「夜更けの海」 激戦の中でひとつ、またひとつと消えゆく命。鳴海もまた生死の境を彷徨っていた。 そんな鳴海を救うべく、命がけの手術に挑むロッケンフィールド。 一方、フランシーヌ人形と瓜二つのアンジェリーナ人形によって動きを封じられていたアルレッキーノとパンタローネがついに自由を取り戻す。 徐々に形勢が悪化していく中、仲間たちの体と想いを受け継いだ鳴海がついに目を覚ます。
第13幕「ルシール」 テントを進んだ先、ついに鳴海たちはフランシーヌ人形を視界に捉える。 しかし、辿り着くには最古の四人を倒さなければならない。 満身創痍の鳴海にコロンビーヌが襲い掛かった時、フランシーヌ人形の破壊という一点のみでつながっていたしろがね達が、心を一つにして鳴海を守るのであった。
第12幕「「顔無し」司令」 真夜中のサーカス」テント内にて、メリーゴーラウンド・オルセン、アクロバットブラザーズに勝利した鳴海たち。 次に現れたのは、どちらかがフランシーヌ人形の部屋に続いているという二つの扉。 鳴海たちは二手に分かれて突破を図るが、扉の先で新たな敵が待ち受ける。
第11幕「ファンファーレ」 中国での出来事をきっかけに、真夜中のサーカスの居場所がついに発見される。 場所はサハラ砂漠。 真夜中のサーカスを殲滅するべく世界中からサハラ砂漠に集うしろがねたち。 鳴海はそこで、身体の一部を機械化したしろがね-Oたちを束ねるフェイスレス司令や、砂漠地帯で活躍するしろがね・ファティマらと出会う。
第10幕「フランシーヌ」 梁（リャン）から語られる真実の過去。 かつて、錬金術を志した青年・金（ジン）と銀(イン)の兄弟。彼らが出会い、そして互いに愛したフランシーヌという女性。 3人の間で起きた想いの掛け違いにより、奇病・ゾナハ病はフランスのとある村に放たれたのだった。 真実を知った鳴海たちの元に、最古の四人と称される自動人形の一体・パンタローネが姿を現す。
第９幕「記憶」 自動人形との戦いで傷つき海に落ちたギイは、仲町サーカスの面々に助けられる。 驚くべきことに、ギイはしろがねの懸糸傀儡の師匠だった。 ギイとの出会いをきっかけにしろがねの心に触れた勝は、自身の出生の謎を知るべく一人、旅に出る。 一方、中国へとたどり着いた鳴海とルシールは、手掛かりを追っていく内に鳴海の中国拳法の師匠である梁（リャン）と出会う。
第8幕「一瞬の始まりと終わり」 新たな仲間・ナイフ使いのヴィルマが加わった仲町サーカスは、集めた興行資金により、伊豆にてようやく公演の時を迎える。 いよいよ公演が始まるというそのとき、太平洋上空では鳴海、ギイ、ルシールが真夜中のサーカスの痕跡を求めて、上海行きの飛行機に搭乗していた。 しかし、機内には自動人形も乗り込んでおり、激しい交戦状態に陥ってしまう。
第7幕「Demonic」 奇病・ゾナハ病の真実、そしてゾナハ病をばら撒く元凶・真夜中のサーカスの存在を知った鳴海。 子供たちの未来を奪う自動人形を倒すべく、鳴海は人形破壊者=しろがねとなることを決意する。 一方、仲町サーカスとともに行動する勝としろがねは、謎の女性・ヴィルマと遭遇する。